Nämdös norra och västra sidor reser sig höglänta och ganska skogiga medan södra och östra delarna är ljusare och lägre. De flesta husen ligger på ostsidan, öns inre är helt obebyggd naturskog. Det finns två insjöar, Storträsket och Västerbyträsk. Öns flora är präglad av den kalkrika berggrunden, man kan hitta flera sällsyntheter som stenkrassing, murruta och 17 orkidéarter. Tack vare det levande jordbruket med betesdjur, finns också fina hagmarker med ”mandelblom, kattfot och blå viol.” I skogarna kan man bl a möta älg, rådjur, räv och grävling. Dessutom finns en stor stam dovhjort som spritt sig från en utplantering på grannön Rågskär i början av 1960- talet. Ormvråk och fiskgjuse häckar på Nämdö, och havsörn seglar ofta in från närliggande fågelskyddsområden.