Nämdö finns omnämnt i skrift redan på 1200- talet i kung Valdemar Seirs seglingsbeskrivning över leden utmed den svenska kusten till Reval i Estland. Troligen har ön varit bebodd ännu tidigare även om säkra fornlämningar saknas.

På 1500- talet fanns åtta skattskrivna bönder i Vesterby, Vestanvich, Longvich, Rörstrand och på Mörtöön. Sätesgården Östanvik var den största gården, under vilken många av de kringliggande hemmanen lydde.

Sommaren 1719 brändes nästan hela Nämdö av ryssarna. Gamla Östanviks gård låg tidigare vid Tyska församlingens feriekoloni, men byggdes efter rysshärjningarna upp längre söder ut, där man än idag kan se 1700- talshusen med sin gamla trädgård och allé. Dagens jordbruk drivs från den nya Östanviks gård, byggd i början av 1900- talet nära Östanviks brygga.

Nämdös befolkning var som störst på 1870- talet med 321 personer i församlingen, idag bor här ca 100 året runt, sommartid flera tusen. I början av 1960- talet köpte Stockholms stad stora delar av Nämdö och Uvö, marker som sedan 1998 ägs av Skärgårdsstiftelsen.